تعمل الهيئة على إيجاد تنسيق وتكامل مع مختلف الجهات ذات العلاقة بالعملية التنموية من أجل تحديد وتلبية الاحتياجات والأولويات التنموية، والهيئة حريصة على إيجاد منصات يتم من خلالها تعزيز الشراكات بين مختلف الجهات لتحقيق المستهدفات التنموية والعمل المشترك لإيجاد برامج ومبادرات تسهم في تعظيم الأثر التنموي للأوقاف وتحقيق تنمية اقتصادية، واجتماعية متوازنة في المجتمع والعمل على بناء قدرات الشركاء لتحقيق تلك المستهدفات والعمل كذلك على تحقيق شراكات حقيقية تسهم في تحقيق مستهدفات رؤية المملكة 2030 للقطاع غير الربحي وتعزيز دوره التنموي، والهيئة حريصة على اشراك شركائها في تحقيق أهدافها على أكمل وجه، ومن شركائها: وزارة الشؤون الإسلامية والدعوة والإرشاد، وزارة العدل، وزارة الإسكان، وزارة البيئة والمياه والزراعة، الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي، وزارة المالية، وزارة العمل والتنمية الاجتماعية، وزارة التعليم، الهيئة العامة للسياحة والتراث الوطني، الهيئة العامة للولاية على أموال القاصرين ومن في حكمهم، الغرف التجارية ولجان الأوقاف والقطاع الخاص والجهات غير الربحية.
ولدى الهيئة العديد من المبادرات في هذا المجال من أبرزها مبادرة شبكة المانحين والهادفة لإيجاد شراكة مع عدد كبير من المانحين لمعالجة المشكلات التي تواجه المجتمع وتسهم في إيجاد حلول ناجعة لأولويات احتياجات المجتمع.