تولي الهيئة العامة للأوقاف اهتمامًا فائقًا بالمخاطر وإداراتها بكفاءة، ومراقبتها باستمرار سعيًا نحو التحقيق الأمثل لاستراتيجياتها، وتعزيز دور الأوقاف في التنمية الاقتصادية والاجتماعية والتكافل الاجتماعي، وحيث أن المخاطر جزء حتمي من أي نشاط مؤسسي، وتمثل تحدياً في طبيعة أعمال الهيئة؛ فإن وجود إدارة مختصة بحوكمة عمليات رصد وتحليل وتقييم المخاطر المتوقعة أثناء تنفيذ الاستراتيجيات بشكل استباقي يعزز القيمة المضافة والاستخدام الأمثل للموارد، للمساعدة باتخاذ القرارات بناء على درجة المخاطر المحددة للقيام بالإعمال، بالإضافة إلى  تقديم التأكيدات اللازمة للمستفيدين عن توفير الهيئة العامة للأوقاف البيئة التنظيمية ذات الشفافية والحوكمة العالية.  
 
ندرك أن قلة الاهتمام وعدم الاستثمار الكافي بحصر ومراقبة المخاطر بشكل استباقي ينتج عنها عدد من الأحداث غير المتوقعة؛ تؤدي إلى خسائر قد يصعب مواجهتها، أو قد ترتفع تكاليف معالجتها؛ وعليه فقد تم التوجيه للعمل بشكل مستمر مع كافة أعضاء الإدارة التنفيذية لبناء سجلات مخاطر متكاملة ومراجعة تقاريرها بشكل دوري. 
 
يعكس إنشاء إدارة تختص بمراقبة المخاطر في الهيئة العامة للأوقاف وجود درجة عالية من النضج الإداري، إذ تقوم إدارة المخاطر المؤسسية بدعم من لجنة المخاطر ـ التي يرأسها محافظ الهيئة العامة للأوقاف ـ  بالعمل على نشر ثقافة إدارة المخاطر في الهيئة، وإعداد سياسات وإجراءات ولوائح منظمة لعمليات مراقبة المخاطر وتحديد الضوابط الرقابية ضمن أفضل الممارسات والمقاييس العالمية، كما تقوم على تفعيل مبادئ المسؤولية، بالإضافة إلى مراجعة المخاطر الخاصة بكافة الإدارات بشكل دوري، ومراقبة أداء إدارة هذه المخاطر بشكل يضمن التحكم في آثارها السلبية، وموازنة العوائد الإيجابية، وذلك لدعم تحقيق الأهداف الاستراتيجية للهيئة العامة للأوقاف.